日本測地系のメッシュを世界測地系の地図で使う

twitterで，環境省の自然環境保全基礎調査などで使われている3次メッシュについて話題になりました。その場では，過去の調査データを活かすために，日本測地系のメッシュを使い続ける必要があるという意見で一致しました。
しかし，世界測地系への移行から10年近くたって，今入手できる地理情報はほとんどが世界測地系になっています。地域メッシュコード（JIS X 0410）についての説明を探すと，日本測地系によるメッシュの有効期限は来年2月までという記述もありました。
（ http://www.stat.go.jp/data/mesh/yougo.htm ）
自然史に関わるデータのように，過去の記録が重要な分野では，記録の集計方法の変更により連続性が分断されたり，そもそもメッシュコードが日本測地系なのか世界測地系なのかわからなくなることでデータの正確性が損なわれることが問題です。
GISが簡単に使えるようになってきた今，日本測地系のメッシュデータを世界測地系の地図で使い続けるために，技術的なメモを書きためていきます。
なお，使っているシステムはWindows XPです。RやQGISはMacでも動くと思いますが，国土地理院が提供しているTKY2JGDと基盤地図情報閲覧コンバートソフトはWindows以外のOSで対応できるのかどうか調べていません。